Se eu remover um funcionário da equipe, os documentos dele somem?

Não. Remover alguém da lista de Equipe marca a pessoa como inativa e preserva o histórico dela, inclusive os documentos anexados: eles continuam na ficha e podem ser baixados por quem tem permissão de ver equipe. Marque "Mostrar inativos" na lista para chegar até a pessoa. O que apaga um arquivo de verdade é excluir aquele documento na janela de Documentos, e aí o arquivo sai do nosso armazenamento e não há como desfazer.